Z moich doświadczeń z mrtg wynikałoby coś takiego (niech mnie ktoś poprawi, jeżeli się mylę, co bardzo możliwe):
MRTG - kiedy jest aktywny, tzn. zbiera dane, przelicza i rysuje wykresiki - zakłada pliki tymczasowe w /etc/mrtg. Jeżeli się go zastopuje w tym czasie, to te pliki zostają i potem po ponownym starcie w jakiś sposób te pozostałe pliki tymczasowe przeszkadzają i mrtg robi (rysuje) różne dziwne rzeczy.
Aczkolwiek z czymś takim, jak u ciebie, jeszcze się nie spotkałem.
Tak czy inaczej możesz spróbować usunąć te pliki (jeżeli są):
/etc/rc.d/mrtg stop
killall sleep
rm /etc/mrtg/mrtg.conf_*
/etc/rc.d/mrtg start
Jeżeli to nie pomoże, to nie mam pojęcia, co z tym zrobić - może ponowna instalacja i konfiguracja mrtg ?